对于董明珠来说，在格力征战的岁月里，她所担心的主要是外部的市场问题。但是从2003年到2005年，格力电器的改制风波可能是董明珠进入格力以来经历最大的一场风波。这场风波使得格力的前途一度迷惘，还将珠海市政府、外部媒体、外部投资者等诸多方面牵涉其中。在与格力集团几年的矛盾冲突中，董明珠一直如履薄冰，但她强硬的个性丝毫没有改变。她毫不犹豫地说：“我不断地跟人斗争，当然我是跟我认为不正确的人在斗，每次胜利都让我感到兴奋。”
“我肯定会赢，因为我是正确。”她说，这些年好像一直在战斗，但愈挫愈勇，她是遇到压力能反弹成更大动力的人。朱江洪和董明珠都是很有责任感的人，总感觉企业没有道理做不好。在这场风波中，朱江洪和董明珠力排万难，理清乱麻，格力因他们而得到了重生。虽然这个企业不是自己的，他们只是打工的，但他们完全把格力看作自己的企业，像对自己的孩子一样地来爱护、培育格力，使格力不断成长。以他们的性格，要么就不做，要做就做好。更因为他们非常清楚国企的复杂，越是复杂，就一定不能违规。体制问题决定着国企的持续发展，但不是国企好坏的决定因素，国企的好坏很大程度上取决于人。
2004年以来，广东珠海的格力集团不仅高层人事变动频繁，而且一名副总裁及集团旗下的房产公司总经理、凌达压缩机厂总经理等多人被拘留审查。格力集团多年来从银行贷款高达十几亿元，另从格力电器得到的分红高达8亿元，但现在竟然陷入窘境，高达数亿元的到期贷款已使格力集团面临破产的境地。格力集团最初大举借债进入的房地产、燃料油、压缩机都是利润较高的产业，这些产业布局都没有问题，而且起点很高，但是为什么这三项主业都会出现亏损呢？由于“出事”频密，市场对格力集团传言甚广。随着格力集团越来越多的高管被抓，黑洞越曝越大，格力集团已经露出无法阻挡的败相时，与之积怨颇深的董明珠得理不饶人：“数亿国有资产流失的背后是不是放纵？放纵的背后是不是有什么见不得人的交易？”董明珠认为：国企的体制问题，实际上还是用人的问题。有人就有一切，优秀的人就会做出优秀的企业，就这么简单。什么样的思想，就打造什么样的企业。只要选对了人，体制就不是问题；只要有不影响企业发展的环境，体制就不是问题。有些人，认为国企不是自己的企业就不认真做。格力电器如果也这样，而且任人唯亲，也会搞不好。做国企要顶住压力，还有放弃很多东西。自打国有企业改革开始，就开始有国有资产流失，国有资产的流失仍然很厉害。曾经有一个国企改制的回访调查，发现均有两大问题：国有资产流失严重；因改制过程中侵害职工权益而引发的纠纷不断。董明珠的看法是：改制应该有两个前提，一个是国有资产不流失，还有一个就是保持企业的持续性发展。只要国有资产不流失，怎么改制都是可行的。以格力电器为例，格力电器当初亏损5000万元，现在资产有20多亿元，得到了这个钱就是得到了升值，如果再卖到好的经营者手里，就是给国家创造了财富。国家既得到了资金，同时又使这个企业保持了可持续发展，就是国有资产最好的转制。格力电器股权转让消息传出不久，国内、国外一大批企业立即蜂拥而至，但改革的进展并不迅速。作为珠海市国资委直属企业，珠海市政府有意将其卖个好价钱。起先有意卖给国际空调巨头美国开利集团。
7月，踌躇满志的开利集团准备进驻格力电器，展开收购前的尽职调查。
直至此时，市政府才把相关收购方案透露给格力电器管理层。朱江洪认为：改制，保证企业的持续发展才是最重要的，先要解决“人治”还是“法治”的问题。从企业的激励机制来说，如果员工能够持股，肯定会对一些不符合自己利益的决策进行抵制；如果企业的战略投资者较多，对形成科学的企业决策就会更加有利。改制关键是要引进人才战略投资者，分散股权，规范决策程序，防止错误决策。格力电器需要的是战略投资者必须是对企业的重大决策有见解、能进行科学决策的机构或企业。事实上，早在四五年前，外资空调业一直在谋求购买格力股权。而惠而浦、伊莱克斯这些巨头都一度出现在珠海市政府的谈判桌上，但是像与美国开利这样谈得如此深入的毕竟不多。这表明，格力方面在被收购的问题上一直持一种谨慎的态度，毕竟被收购对格力这样一个国内知名品牌来说不算最好的选择。这次改制风波还给朱江洪引来了一个大麻烦。
2003年12月，《粤港信息报》头版头条刊发评论性文章《格力再现褚时健式人物》，把朱江洪评析为另一个褚时健，并称朱江洪“想通过股权置换，拟用方式实现企业改制，把集团公司所拥有的58%的股份中的30%归他个人所有”，把朱江洪描绘成一个侵吞国有资产的“59岁现象”人物。朱江洪认为此文是对他的严重诽谤。
2003年格力集团亏损逾亿，管理一团糟，格力电器赢利逾3亿，蒸蒸日上，而文中却把集团董事长描绘成是国有资产忠实的看门人，朱江洪则成了国有资产侵吞者。这种笔法使人感到寒心。他心力交瘁，叹息这是“创办格力以来最艰难的日子”。朱江洪于2004年初起诉作者仲大军侵犯其人格、名誉权。法院判决朱江洪胜诉，对方被要求除刊登文章道歉外，赔偿10万元精神损害抚慰金。同时，关于格力电器建账外账、设立小金库、烧账本的传言到处流传。珠海的纪检、工商等部门也进驻格力电器进行调查。格力集团有些人的目的很明确，就是把朱江洪和董明珠赶出格力。董明珠毫不示弱，她直指集团一些做法是想掏空上市公司、利用上市公司滋养。董明珠疾呼：无论是企业还是个人都要敢于揭短，敢于正视自己的问题，敢于把自己的丑陋、错误暴露给别人，让别人来帮助自己。在总结经验的过程当中，不要互相指责，而是应该帮助。她在媒体面前毫不避讳地说：“格力集团长期运作不规范，出事是迟早的事儿。”传言和诋毁袭来的时候，正是格力电器第四期工程竣工准备剪彩典礼的时候，也是格力电器为其未来的增长布局的关键时候。就是这样，朱江洪和董明珠往往是每天早上看完一厚迭媒体的“报道”，下午还要面带笑容去出席公司扩建工程的奠基仪式。去外地出差还得匆忙赶回珠海配合有关方面反复的“谈话”“调查”。在国有企业，墨守成规，把企业搞垮了可能还没有责任，异地做官就是了。反之，不管你把企业搞得多红火，但只要有一点违规，责任你都逃不了，在国企做领导必须十分谨慎。在集团和公司的斗法中，董明珠是被集团拉拢的重点对象。
集团派人来见朱江洪，开出的条件是：自动退休，退休以后拿5年的年薪，每年200万共计1000万。如果不退的话，就召开股东大会罢免他。对董明珠的条件是，朱江洪走后，董事长、总经理任她眩得知了最后通牒的内容，董明珠对朱江洪说，虽然这个人不懂企业，也不懂管理，但是我觉得他还是认可你的。朱江洪一笑，说，他给我钱我也不敢拿，也不能拿，这不合法。他的心态是：无所谓，不让做就不做。不做不是我个人的损失，是企业的损失、政府的损失。在承受如此巨大压力的情况下，朱江洪也想过走，但走了之后格力怎么办，股民的投资怎么办，员工的出路又怎么办？还是决定留下来坐以待毙。这是一种完全凭良心干的想法。关键时候，董明珠的斗志和能力爆发出来。当时她就对朱江洪表示，这不是你做不做，是对与错的问题。集团被那些人搞得亏了几十个亿，要是他们来做格力电器，企业很快就会断送掉，这损害了国家利益。一定要坚持，就算不做也得有一个说法。
2005年股权分置改革中，珠海市政府组织一个班子专门到深圳、北京和上海等地考察并拜访持股的证券公司，每到一地，使官员们意外的是，基金经理提出的第一个问题都是：“朱江洪还能留任吗？”有人甚至直言：“格力股改的具体条件我们不太感兴趣，我们最感兴趣的是朱江洪能不能不走。”格力集团董事长徐荣本想在2003年5月23日召开格力电器换届股东大会，罢免朱江洪的格力电器董事长职务。而就在会议召开的前一天，由于获悉了内情，董明珠亲自去找了分管工业的市委书记，力陈利害关系。珠海市政府当天深夜做出决定：不准徐荣参加第二天的股东大会，让他写下委托书委托他人参加。这对于格力集团党委书记、法人代表、董事长、总经理于一身八年之久的徐荣来说，无疑是一个沉重的打击。这场斗法，以徐荣于2004年1月去职暂时告一段落。在云开日出之时，对董明珠和朱江洪来说，这几年的风雨非常耐人寻味。看上去他们是胜利者，格力集团由绊脚石变成了助推器，但是引起的思索却是难以平息。