1932年12月上旬，省委派杜衡去陕甘边区执行省委8月做出的《创建陕甘边新苏区及红二十六军决议案》。杜衡到三原让黄子文带渭北游击队与其一同北上边区，在宜君县转角镇正式将陕甘游击队改编为红二十六军（当是只有第二团）。团长王世泰，政委杜衡（军政委兼），参谋长郑毅（后为刘志丹）。随后，杜衡让黄子文返回三原，向省委汇报情况。子文遂护送被杜衡解职的谢子长、阎红彦一块到武字区，并派人送谢、阎出潼关去上海。
1933年1月5日，子文向帙陕西省委写信，一面汇报了杜衡改编中国工农红军二十六军的情况，一面请示自己的工作问题。不久，省委派子文去白水、蒲城一带巡视工作。子文接到指示后，于当月中下旬与金天华将渭北游击队带回武字区后便去了白水。
3月下旬，黄子文回省委汇报巡视白水、蒲城工作情况。此时，杜衡亦回省委。4月10日，杜衡主持省委会议，以“右倾”之名，给子文留党察看三个月的处分。随后派其去陕甘边特委工作。
陕甘边特委成立于3月份，领导着以李妙斋为总指挥、习仲勋为军委书记兼政委的游击队——陕甘边游击队。4月中旬，黄子文去后接替李妙斋，任陕甘边游击队总指挥，习仲勋任政委。陕甘边游击队在习仲勋、黄子文等领导下，担负保卫陕甘边特委和陕甘边革命委员会的重任，开展游击斗争，巩固和发展陕甘边新苏区。
5月下旬，杜衡由省委返回照金苏区，提出了红二十六军二团南下渭华，建立新的根据地的主张。
6月中旬，杜衡不顾省委、陕甘边特委、中共三原中心县委的劝告与反对，强行带红二团南下。黄子文亦被令随军领路到武字区。省委得知此次行动的消息后，即派省委书记袁岳栋到三原阻止。待袁到三原，仅碰到准备回省委的杜衡。红二团已由王世秦、刘志丹和代理政委汪锋等人带走。18日晚，袁岳栋在三原民教馆召集有杜衡、刘映胜、赵伯平（中心县委书谒）、黄子文参加的紧急会议，批判了杜衡南下的错误主张，并决定由黄子文连夜追赶红二团，阻止南下。当子文追至渭河北岸时，部队早已渡河，不知去向。
为了挽救革命武装，黄子文将情况向袁岳栋、赵伯平汇报后，即化装成木匠，深入渭华山区寻找战友。在渭南的程家乡、桥南镇，在华县的高塘、东阳乡堡子底、郭家庄、黄麓口、箭峪口，留下了子文艰难跋涉的足迹；在大明寺小学的教室里，地下党员姚明辉的瓜庵子地铺里，蓝田县山林里的石岩中，留下了子文的身影……。在十多天的奔波中，子文得到的回答仅仅是：“不知什么队伍，前两天向南山去了！”南山即秦岭，千豁万岭，横贯陕西东西，找部队犹如大海捞针。
一天晚上，子文躺在箭峪东沟一棵大树下的盘石上，思索着如何尽快找到部队的下落。猛然间，他想到了在渭华担任县委书记的赵应魁。他俩是乡党，一块共过事，和他取得联系，让渭华地方党组织协助寻找部队，岂不更方便，更快吗？
第二天，他跑了一整天，终于找到了赵应魁。俩人商量后，由赵找来了几个党员，分头寻找。子文让他们装扮成上山砍柴的，挑货串乡的，走亲访友的，奔向四面八方寻找。
在寻找战友的日子里，子文经常风餐露宿。在深山老林里，十里八里碰不到一户人家，白天饿了，烧洋芋吃；晚上冷，他拾些柴草，烧过之后，踩灭火星，趁热睡在灰烬上。这样子文磊嵩华地下党的同志，忍饥受饿地又奔波了十余日，终于在西；菇找到了病饿交加的刘志丹，后又找到了王世泰等。在渭华矗下党员王杰、李凌云、陈居义、宋金昌等协助下，几经辗转到了华县。7月下旬又转到了渭南地下党员张文华、张我公、白思堂家隐蔽，以待时机过渭河回照金。
七八月份，正是渭河河水暴涨的季节。大桥被敌人封锁，渡口亦被敌人控制。黄子文、刘志丹、王世泰等聚集在张文华家，正为北渡发愁，特别是团长王世泰不识水性，除从大桥上过，别无办法。大家的枪支，也不能各自带在身上。子文出主意说：“枪让我老婆带上，与世泰从桥上过，其余的人分头泅水过河。”刘志丹怕李盛云年轻，又有孩子，不愿让其冒险，子文笑道：“咱这老婆，坐过牢，造过手榴弹，会打枪，胆子大着哩，你放心吧！”子文望了望王世泰，又望了望抱着孩子的李盛云补充道：“至于他俩如何带枪过桥，我自有锦囊妙计，大家不必担心！”
8月上旬的一天，一对年轻夫妇向渭河大桥走来，男的抱着一个两岁多的小孩，女的挎着一只篮子，篮子里盛着香裱纸钱和献食。他们刚刚到码头，敌人的哨兵跨前一步：“干什么的！”
“去河北给母亲过周年的！”女的回答。
“他是谁？”哨兵问。“我男人。”女人说。
哨兵望了一眼篮子，却没有动手，将头一摆：“走吧！”
他俩过了河，不由加快了脚步。男的长出一口气：“我悬着的心总算放下了！”女的笑了笑，没有说话，显得镇静自若。这就是子文让王世泰和李盛云装扮的。
当王世泰和李盛云到了原约定的集中点——地下党员李毓章家里时，黄子文和刘志丹、黄罗斌等已由渭南地下党员分头护送到了，李盛云从篮子里取出手枪，交给了大家，便抱着孩子带着刘志丹的嘱托，去西安找省委汇报情况。
黄子文当年化装救战友用的奔子（一种木工工具），至今还作为革命文物保存在渭华起义纪念馆。