由以上各章所记，明末三案的前前后后可说大致都已提到。严格说来，这三案不过纯然是宫廷案件，而其所以竟迁延到如此之久，牵连到如此之大，则是明代自中季形成的门户之争，借此展开了斗争，有以致之。崇祯嗣位后，有钦定逆案之举，三案的是非也包括在其中，似应不再有所反复了。但三案虽又暂结，而门户之见仍在，余波却还潜在，不仅尽崇祯一朝仍自未已，甚而到了偏安于一隅的南明，三案之争仍然被人利用。
三案的余波，在崇祯时是从吏部尚书王永光那里暗暗发出来的。这个王永光，其实还是崇祯任命他作为韩爌、李标、钱龙锡三人的助手，要他参预订定逆案工作的一员，但他实际上却又是站在名列逆案的诸人的那一方面的。他表面上在协助定逆案，实际上却极尽牵制阻挠之能事，不过他做得很隐秘，所以没有被察觉。钱龙锡应该说是有些感觉到了的，常和他有争执，韩爌总是在他们之间做个和事佬，实际上起了些掩护王永光的作用。
逆案已定之后，王永光仍在发挥着他的作用，他做得很巧妙，不提三案间的是非，只在暗中设法打击定逆案的主持人，并且伺机为名列逆案者谋求复官，以增强自己的势力。韩爌待他还好，王永光便放过了他，却一心要把钱龙锡搞垮。他和后来逐渐起来的温体仁相勾结，又联合了与钱龙锡有矛盾的御史高捷和史，想像严嵩陷害夏言那样，利用袁崇焕杀掉毛文龙那一案，致钱龙锡于死命。案情进入最紧张的阶段时，他们已经命人去打扫了西市的法场，因为预计钱龙锡有可能在那里正法。但是事实并没能使他们如愿，最后，钱龙锡到底得救了。
门户之争一直继续着，直到崇祯已经殉国，明代朝廷在江南残存时，门户之争犹自未已。在南明入阁辅政的马士英，便是以翻逆案为手段，集结起他的党羽和史可法对抗的。他入阁后，起用了很多名列逆案的人，阮大铖、杨维垣等便都又被授以重任。不但此也，他还公开宣说，《三朝要典》应予重修，以明是非。与此同时，还把名列逆案已故诸人，如霍维华、刘廷元、杨所修、徐大化、岳骏声等，都又予以追赠官爵，赐祭、赐恤。三案的是非，至此好像又要翻转来了。后来，左良玉以“清君侧”为名，引军东下，传檄声讨马士英等人时，首先开示的罪名，便也是指斥他们翻逆案和重修《三朝要典》。门户之争几乎是与明代帝室共存亡的，而三案恰又是门户之争用惯了的题目，它也可以说是与明代帝室共存亡了。