1933年1月17日，中共临时中央决定由上海迁往江西中央苏区。随后，博古、洛甫等临时中央负责人抵瑞金。不久，中共苏区中央局与临时中央合并，称中共中央局。周恩来的中共苏区中央局书记一职自行消失了。
这期间，周恩来和朱德一起，一直在前方指挥红军作战。
中华苏维埃共和国中央政府根据中共中央提议，于5月8日举行第11次人民委员会常务会议，决定将中央革命军事委员会由前方移至瑞金，增加项英、博古为委员，项英代理主席。同时，在前方另行组织中国工农红军总司令部，朱德为中国工农红军总司令兼红一方面军总司令，周恩来为中国工农红军总政委兼红一方面军总政委。此后，前方军事行动的决定权，完全由博古、项英直接掌握。
博古、项英等人按照在上海的共产国际驻中共军事顾问们的意图，认为蒋介石与闽、粤军队有内争暗斗，而在中央苏区的北部采取守势，不易攻击，所以要求红一方面军主力分成两个部分作战。将这样的部署称之为“两个拳头打人”。
中共中央局于6月13日致电朱德、周恩来，转告共产国际驻中共军事总顾问弗雷德·施特恩拟定的关于夏季军事作战计划。电报中批评红一方面军前段军事行动的缺点在于“主力集中于一个单独的作战单位，即方面军，这就不能从各方面配合作战”，“以致对于北方的敌人，很少机会再给予有力打击”。为在闽、赣两个战略方面上同时取胜，提出从红一方面军调出若干部队，组成东方军团，进行分离作战。强调“切实执行这一作战计划”，提出以红3军团为东方基干，入闽作战；红1、5军团依计划在抚河、赣江之间作战。
周恩来就夏季军事作战问题，于6月14日电复中共中央局：“东黄陂战役后，除攻乐宜外，方面军与敌战斗凡十二次，每次敌损失一团左右兵力，决不能说在北面战线没有设计削弱敌人主力。”针对入闽作战一事，电报说：“须估计到清流、归化、将乐、邵武等地的攻击必须时日，6、7两月正是给养最困难的时候，清流泉上一带是贫瘠的地域，目前方面军已有断炊之虞，不知你们估计到否？”但他提出的这此问题，博古、项英等未予理睬。
16日至18日两天内，他又和朱德连续四次致电博古、项英，不同意作为红一方面军主力的红1、3军团分开行动。彭德怀、林彪等军团指挥员对洋顾问以中共中央名义下发的夏季作战计划亦持异议。但在后方的博古、项英等中共中央局及军委领导人根本不接受前方军事领导人的意见，三令五申，要求必须坚决执行由洋顾问拟定的夏季军事计划。
遭受博古、项英轮番来电催促斥责后，周恩来迫不得已，下令红一方面军兵分两路：红1、5军团留在原地，改称中央军，实际上并没有多大的作战任务，基本上处在无用武之地；以红3军团为基干组成东方军，东出福建，计划经清流、归化地区折向北上将乐、邵武，进入赣东北，再与方面军总部会合。
布置完毕，周恩来于6月23日致电中共中央局：“绝对服从你们命令，并立即执行。我要求在部队调动中回瑞一行，面陈不同意见或改在博生县开军委会或中局会。因许多问题非电文所能详，许多批评完全不是我们愿意也。”同时指出，清流、将乐、邵武城的地形都是易守难攻，而移驻福建的敌19军的守城能力又强，因此，东方军不宜在攻城上多耗时日。
红一方面军将主力分散部署，正中蒋介石下怀。
早在6月8日，他在南昌行营召开赣、粤、闽、湘、鄂五省“剿共”军事会议上，总结了前四次“剿共”失败的经验，指出此次要实行“彻底封锁”的作战方针，就是所谓“战略攻势，战术守势”和“步步为营，节节推进，碉堡公路，连绵不断，经济封锁，滴水不漏”的战略和“三分军事，七分政治”的策略，即保甲制度和保安部队制度继续施行。
7月8日，蒋介石在庐山设立军官训练团，自兼团长，陈诚任副团长，召集蒋系军官轮流受训。该训练团完全以反共为目的，教育的中心思想就是“攘外必先安内”，“目前一切的一切其最重要的关键就在于剿匪。”利用这个喘息机会，蒋介石命令准备进攻的各部队在中央苏区周围休养生息，补充物资，构筑碉堡封锁线，准备发动新的“围剿”。经过这段时间的陆续增调，蒋介石已在中央苏区周围集结了50多万人马。
彭德怀率东方军入闽作战后，先后攻占归化、清流、泉上、连城、白砂等地。8月12日，周恩来、朱德致电中革军委，提议东方军进入第二阶段之目的在求得继续消灭闽敌一二个师，于运动战中以破坏赣的东方侧翼并藉以分散敌兵力，最后集结强大的优势兵力出现在邵武、光泽、资溪之间，寻求敌之5、6两师突然袭击之。以便逼使赣敌移动与重新集中，造成中路军北向的有利条件。
博古、项英等对此意见未予采纳，于次日下令：东方军经归化、夏茂地区，于8月底以主力攻占洋口、峡阳等地，消灭洋口、顺昌、将乐地带之敌；由红1军团等组成的中央军担负箝制正面蒋军，并破坏北面蒋军的碉堡封锁线，打击筑碉部队；红5军团组成抚东支队。
红军正按博古、项英的指令作部署时，驻守信江的蒋军第4、第21师南下，进犯中央苏区。而顺昌、将乐城防坚固，东方军一时无法攻克。
9月3日，周恩来、朱德致电中共中央局，报告东方军已结束战斗，“集结延城附近，准备回师”，并作了迟滞蒋军南下的的布置。7日，中革军委复电，坚持要东方军消灭蒋19路军的基干兵团，完成第二阶段的作战任务后再回师北上。
9月12日，中共中央局又转来共产国际的指示电，提议延长东方军在闽的作战时间，在闽浙边界的崇安、浦城、松溪一带创造一个广大的游击区域。周恩来即于当日电复，指出这样一来，“北上期必更延迟”，“5军团调一个师去，在目前只打将、顺、邵敌人实无必要”。次日，周恩来再致电博古、项英，强调执行共产国际指示电第一步关键在“求得胜利地结束东方战斗，迅速北上”。并提出东方军回师路线与作战方案。
9月14日，中革军委电复朱德、周恩来：“顺昌、将乐未打下，将束缚我军不能集结优势兵力于决战方向，且保障我后方交通线周旋较难，固现应力求在决战前，打开顺昌或将乐。”要求东方军迟于20日若干时间再行北上。
围攻将乐、顺昌的战斗，并没有博古、项英等人想象的那么顺利。战斗进行了一个月，仍未能如意“打开顺昌或将乐”，而北线敌情已日益紧张。9月24日，周恩来致电项英并转中共中央局，提出“必须迅速结束东方战斗，否则将会失去剪除赣敌之良机，坐视其抢先集中抚河”。次日，再电提出东方军必须最大限度集结兵力，以最大机动求得胜利地结束东方战斗，不为坚城所系，不为强敌所滞，以便能在运动中灭敌一部，赶早北上。
27日，中革军委命令红一方面军主力结束东方战线，集中泰宁地区，会合抚西红军，以全力与蒋军在抚河会战。而在此之前两日，蒋军乘红一方面军分离作战，无法及时北上之机，以四个师的兵力进攻苏区北方重镇黎川，隔断了中央苏区同赣东北苏区的联系，使中央红军在第五次反“围剿”战争一开始就陷于不利的作战态势。
周恩来获知蒋军抢占黎川后，9月28日连续致电项英并转中共中央局，指出抚东战局因红军为将乐、顺昌坚城所系之误，将使蒋军得先筑据点为守，现红军必须以极大机动性处置当前战斗。正面迎蒋军或强攻黎川都处不利。他建议“东方军与中央军会合”，集中优势兵力破敌一方。但是，中共中央局对他的意见未予接受。
就在这个时候，共产国际驻中共军事顾问李德从上海到达中央苏区。这个消息，给正陷入后方与前方之争的苦恼中的周恩来，带来了一丝欣慰。他跟朱德说：“共产国际的顾问来了，情况该有所改观了吧！”
朱德说：“至少会有些变化吧！不然，要洋顾问来干什么？”
“共产国际给我们派来的顾问是德国人，蒋介石请来的顾问也是德国人。天底下竟有这样巧合的事！”
“我们的敌人蒋介石是黄埔军校校长，蒋介石的敌人周恩来，也是黄埔军校政治部主任嘛！”
“这么说，我们兄弟翻脸，德国人也兄弟翻脸！”两人笑了笑。周恩来沉思片刻，心情还是有几分沉重地说：“但愿李德来了，我们的前方与后方的争论也就随之结束了。”