这时候，周恩来在前线的军事指挥权实际上已经被李德取代。很多重大的军事决策，他也不能全部参与了，只担负一些技术性的组织工作。也就在这个时候，由他主持的与蒋军第19路军的秘密谈判有了重大进展。
驻守在福建的蒋军第19路军是一支怎么样的军队呢？
1932年一二八抗战中，在上海奋勇抵抗日本侵略军的，就是这支由蔡廷锴、蒋光鼐率领的军队。上海抗战之初，日军第1舰队司令官盐泽狂妄宣称，4小时内即可占领上海。
1月28日夜，日陆战队六千人分数路向闸北进攻，19路军分路应战。在各界人士和广大市民的大力支持下，19路军连续打退装备明显占优势的日军，并予以重大杀伤。日军初战惨败，日驻上海领事伪装求和，施缓兵计，托英美领事出面调停，要求停战三日。其实，却在密集重兵，三日内增兵至上万人马，于2月2日又向19路军发起猛攻。
7日，日军又惨败，指挥官盐泽被撤职，野村继任。日军再战再败，指挥官换上植田，再败三换白川。日军源源不断增兵，很快就达到了10万人马。而19路军和后来参战的第5路军，总共不足4万人，武器装备更不如日军。但在广大人民群众的支援、直接参战和配合协助下，迫使日军直到29日仍处在沿海的狭窄地带，不能前进一步。
但是，在日军大量增援，情况万分危急的时候，蒋介石却公开表示，19路军抗日“未得军政部命令而自由动作者，虽意出爱国，亦须受抗命处分”；还说“19路军有3师共16团，无须援兵”。日军对蒋的暗示心领神会，马上大量增兵，延长了从闸北经过吴淞直到长江岸边的战线，造成19路军和5路军在漫长的防线上兵力薄弱。19路军被迫从上海撤退，日军占领了淞沪。
5月5日，蒋与日签订了《淞沪协定》，蒋对“违令”抗日的19路军先加以整肃，然后实行肢解，将其所部三个师分别调往武汉、安徽和南京。但19路军官兵在各方的支持下，据理力争，不服从分割肢解的命令。蒋不得已改令该军调到福建“剿共”。
奉蒋介石之命移师福建参加对中央苏区的“围剿”后，19路军广大将士厌恶内战，要求抗日。他们对中共提出愿在三个条件下与全国任何武装部队订立停战协定，共同抗日的主张很感兴趣。这三个条件是：㈠立即停止进攻苏维埃区域；㈡立即保证民众的民主权利（集会、结社、言论、罢工、出版之自由等）；㈢立即武装民众，创立武装的义勇军，以保卫中国及争取中国的独立统一与领土完整。
在中共抗日主张的感召下，蔡廷锴、蒋光鼐于1933年8月间秘密派代表吴明到延平前线同红军联络。这个吴明，原名陈公培，20年代初旅法时曾和周恩来在一起。19路军控制的福建正同中央苏区接壤，如红军同该部联盟，不仅可以立即消除来自东侧的威胁，得以全力对付集结在北线的蒋军主力，并将由于得到盟友而大大地增强自己的斗争力量。
周恩来对这件事十分重视，于9月22日致电项英、彭德怀等，建议派红3军团政治部主任袁国平到福建西芹地 区同吴明面谈，以进一步了解19路军的真实意图。经过谈判，彭德怀交吴明带去回信，对19路军提出的合作要求表示欢迎。从此，双方在前进入休战状态。
到10月初，19路军秘书长徐名鸿由吴明陪同，秘密到达瑞金。双方经过进一步谈判，于26日由潘汉年代表红军，徐名鸿代表19路军，签订《反日反蒋的初步协定》：双方立即停止军事行动，划定临时军事疆界线，解除对苏区的经济封锁，释放在福建关押的政治犯等。
这年的11月20日，19路军在蔡廷锴、蒋光鼐、陈铭枢的领导下，又联合了国民党内李济深等一部分反蒋势力，发动了福建事变，成立了抗日反蒋的“中华共和国人民革命政府”，各军改称“人民革命军”，宣布废除国民党旗，改用上蓝下红中嵌一颗黄色五角星的新国旗。蒋介石对此十分恐慌，急调“围剿”红军的主力部队去围攻19路军，便成为他迫在眉睫的头等大事。
周恩来根据这一情况，在福建事变发生后的第四天即致电博古、项英、李德等，指出蒋介石目前正推迟进攻中央苏区，调集兵力东进由浙入闽，镇压福建革命政府。他敦促提早决定红3、5军团是否参加侧击向钟贤、崇高市、贵溪等方向前进的入闽蒋军。
同时，周恩来和朱德又致电红10军军长刘畴西、红7军团军团长寻淮洲等，指出福建19路军宣布反蒋，蒋介石已抽兵向浙赣闽边境集中，要求赣东北和闽北红军抓紧这一机会：㈠广泛发展上述地域的游击战争，截击敌人的联络运输，扰乱其后方；㈡集中红7军团主力准备随时可以截击或尾敌之行动部队， 意在消灭敌之实力，切忌正面迎击与强攻堡垒。
然而，中共中央局从左的观点出发，对福建革命政府和19路军抱着完全不信任态度，拒绝给予支援。
11月25日，中革军委发出了红一方面军行动训令，强调“不应费去大的损失来与东北敌人新的一路军作战，而让19路军替我们去打该敌”。这样，周恩来原计划的支援福建事变和19路军的军事行动被搁置起来了。不仅如此，中共中央机关报《红旗周报》发表社论，没有把福建革命政府看作抗日同盟者，而错误地指责“19路军和陈铭枢、李济深在福建所组织的‘人民政府’也是反动统治的一种新的欺骗”。
12月5日，中共中央发表《为福建事变告全国民众书》，批评福建人民革命政府成立后“并没有任何真正反帝反军阀官僚豪坤地主的实际行动”，因此，“它不会同任何国民党的反革命政府有什么区别”。断言“中间的道路是没有的，一切想在革命与反革命中间找第三条出路的分子，必然遭到惨酷的失败，而变为反革命进攻革命的辅助工具”。
福建事变发生后，正在抚州坐镇指挥的蒋介石异常紧张，因为他极害怕红军与第19路军联合。一旦这样，不仅他对中央苏区的第五次“围剿”计划化为泡影，甚至使红军变被动为主动，得到第19路军助一臂之力后将如虎添翼，迅速全面反攻。他每天都要找其侍从室主任晏道刚，询问是否有红军与第19路军联系的情报，后来没有发现此种使他忧心忡忡的情况，他不由发出一番不幸中之万幸的感慨。
为了镇压第19路军，蒋介石急忙从“围剿”中央苏区的北路军中抽出9个师，与其他部队组成“入闽军”，由蒋鼎文率领，向福建进攻，而对中央苏区则暂取守势。这样一来，本来投入“围剿”中央苏区的大部兵力被抽调去镇压第19路军，同时也把保卫京沪杭的第87、88师也抽编到“入闽军”中，造成后方十分空虚，连南京的防务也是由一些宪兵、警察和一些地方团队来维持。这是红军粉碎蒋介石对中央第五次“围剿”的极好时机。
周恩来、朱德、彭德怀等前线军事领导人积极向中央局建议，红军乘机向赣东北方向出击，以求打破蒋军的“围剿”。李德、博古、项英等人对他们的建议置之不理。红3军团按照博古、李德的作战方针，12月2日在黎川城东的团村与蒋军12个团激战。由于红1军团分兵作战，仅打成击溃战，蒋军大部得以逃脱。
13日，周恩来和朱德致电中革军委，认为如团村战斗中红1、3军团联合作战，战果必不至于如此。提出目前红军突击兵团分割作战，在一般干部乃至战时将新技术应用，尚未了解与熟练条件下，提议“立刻调一军团及十四师（留守备部队）至康都、西城桥，准备会同三、五、九军团主力，甚至七军团主力一部，于东山、得胜关间与敌主力决战。因不如此，我突击兵团分割作战……常不能达到高级要求的胜利，且付过大代价，此点在目前特别重要”。应力求“再集中全力给敌以更大杀伤”，“使东北暂归平静，而便我战略转移。”
13日、14日，中革军委连复电，不同意周恩来、朱德的提议，并下达重新布置密令，将红一方面军主力第1、3军团及4个独立团编成西方军，西调转移到永丰地区与税警团作战，以第5、7军团及部分地方部队编成东方军，留在建宁、泰宁、黎川、光泽、金溪一线，开展游击战争；以第9军团及2个独立团编成中央军，牵制蒋军，策应东方军和西方军作战。这样，红军主力进攻蒋军构筑的堡垒线，而不向东配合19路军作战。项英并在24小时内四次变更作战命令，造成部队指挥混乱，使周恩来、朱德在前线无法工作。
“这简直是瞎指挥！”周恩来冲着博古、项英他们的电报反感地说。“我怎么也想不通，他们为什么老是怕我们拉队伍去配合19路军作战？老蒋消灭19路军后，马上就可以集中兵力来打我们，这一点他们怎么连想都不愿意去想呢？”
身经百战的朱德也想不通，直摇头说：“既然他们不相信19路军，自然也不会同意我们配合19路军的方案。他们只想瞧19路军被老蒋消灭的笑话，哪里会想到，这事也会给我们带来麻烦。”
周恩来说：“他们只会对着地图向我们发号施令，却对前方的具体情况缺乏了解，还强迫我们绝对听命于他们，这怎么能打好仗呢？现在叫我们去进攻老蒋的碉堡线，那不等于送死吗！”
朱德说：“恩来，这话你可不能对他们讲，当心给你扣一顶右倾主义的帽子！”
周恩来说：“这回我不能再忍了。叫他们这样瞎指挥下去，非乱套了不可。这是战争，不是儿戏啊！”
这样，周恩来于12月16日致电博古、项英，对中革军委下达给前方的命令屡次变更，造成部队指挥混乱一事提出批评，愤慨地指出“两日来命令屡变，最后部署仍回至我们的第一密令时部署一样，此对下级信用确有影响，务请仔细考虑”，再次请求“在相当范围内给我们部署与命令全权，免致误事失机”，“否则亦请以相机处理之电令给我们。事关战局责任，使我不能不重申前请”。
周恩来的此电显然惹恼了博古、李德、项英等人，于是，李德以统一前后方指挥为名，提出建议并经中共中央局批准，决定将前方红军总部并入设在后方的中革军委，把周恩来和朱德调回瑞金。从此，李德、博古、项英等人开始在第五次反“围剿”战争中，直接指挥中央苏区各军团和独立师、团作战。