1935年9月下旬，就在毛泽东率领中央红军向陕北全力前进时，陕北革命根据地内却发生了一件令人十分痛心的大事。刘志丹、习仲勋、张秀山等一大批陕北革命根据地的党、政、军负责人被打成“右派”、“反革命”，关进了监狱，有的甚至已经被杀害了；瓦窑堡城门附近已经挖好了一个大坑，不久这里极有可能成为那些在押者的坟场。
事情得从红二十五军到达陕北说起。1935年9月18日，从鄂豫皖苏区出发的红二十五军到达陕北永平镇，与陕北的红二十六军、二十七军会师，合编为十五军团，徐海东任军团长，刘志丹任副军团长。红十五军团由陕甘晋省委和西北革命军事委员会直接领导。徐海东、刘志丹亲密合作，率领红十五军团在甘泉县劳山地区、鄜县（今富县）榆林桥地区，打了两个大胜仗，消灭了敌人一个师和两个营，击毙了敌师长何立中，给敌人的第三次“围剿”当头一棒。
在此次反“围剿”中，红二十五军俘虏了一个名叫张汉民的国民党军官。张汉民交代，他是在国民党军队里卧底的中共地下党员，刘志丹可以为他证明。审讯人员不知是疏忽草率还是出于故意，在没有经过核实的情况下，就把张汉民就地枪毙了。深受王明“左”倾错误影响的西北军事委员会主席聂洪钧、政治保卫局局长戴季英等人利用这件事荒唐地推论出：刘志丹等人与国民党有联系，陕北红二十六军已被国民党势力渗透，必须清洗。一场大规模的肃反就此展开。
一天，陕北革命根据地的创建人刘志丹骑马赶往红十五军团总部开会，半路上恰巧碰上了由西北军委派往红十五军团送信的通讯员。通讯员认识刘志丹，知道他是红十五军团的首长，于是下马向刘志丹敬了个礼，把一封急信递交给他。刘志丹打开信一看，竟然是西北军委政治保卫局给十五军团下达的一道逮捕令，上面列有要逮捕的干部名单，刘志丹名字赫然在上。刘志丹看完后，若无其事地把信折叠好，交还给通讯员，对他讲：你把这封信送到军团部，就说我自己到瓦窑堡去了。说完，刘志丹调转马头，直奔瓦窑堡，主动跑到了西北军委政治保卫部。他把左轮手枪交了出来，对保卫局的人说：我知道你们找我，我就来了。
保卫局局长戴季英下令把刘志丹关进了牢房。在此前后，100多名陕甘边区县以上的领导干部和军队营以上的领导干部被投入了监狱。刘志丹的妻子和5岁的女儿也被送进了劳改队。保卫局的人害怕群众知道刘志丹被抓，他们将刘志丹骑的马都关了起来，免得人们看到它单独栓在马厩里而生意外。押解刘志丹等人过街时，还特意在他们头上套上了布罩。
杨尚昆后来回忆说：“从这一点可以看出刘志丹的党性十分强。如果他看了那封信，不到瓦窑堡，而到驻在附近的第八十一师，这个师是由他过去领导的陕北红军改编的，这样，保卫部就抓不到他了。如果十五军团两部分红军内部发生严重冲突，陕甘苏区就完了。”
通讯员骑马赶到了红十五军团军团部，军团长徐海东正等着刘志丹来研究下一步作战方案。看过逮捕令，知道刘志丹已去了政治保卫局，徐海东顿时肺都要气炸了，他厌恶戴季英领导的保卫局，大敌当前，保卫局却要自毁长城。戴季英肃反手段之残酷，徐海东早就领教过。他清楚这次刘志丹落在戴季英手中，凶多吉少，在劫难逃。
原来，早在鄂豫皖苏区时，徐海东和戴季英同在红二十五军七十四师任职，徐海东任师长，戴季英任师政委。一次，戴季英亲自下手，把二二〇团的政委、参谋长等49名党团干部捆起来。徐海东很惊讶地问：“政委这是干什么，他们犯了什么错误？”戴季英说：“肃反，干什么？！”徐海东听说戴季英要审案子，就坚持要和他一块儿去。在审讯中，徐海东亲眼看见，戴季英将七十九团特务连指导员吊起来拷打，逼供不成，又绑在板凳上用刑，逼问口供。最后，戴季英命令警卫员把这位指导员拉出去杀了。徐海东赶紧说：“政委，一点儿口供没有，为什么杀人家？”戴季英不耐烦地讲：“你不懂肃反的事，没有口供这更加证明他是反革命坚决分子，不愿说出他们的组织来。”徐海东坚决反对，戴季英就警告徐海东：“我是省委常委，又是政治委员，肃反是我的事情，你少管，不要过问。”就这样，49名干部全被戴季英杀掉了。事后，徐海东这个堂堂七尺男儿，两个眼睛都哭肿了，起床后又怕别人看见，赶紧用热水敷。在红二十五军去陕北的路上，戴季英又多次提出肃反，徐海东火冒三丈，当着他的面拍了好几次桌子，坚决予以反对。
陕北的指战员们和革命群众无论如何都不相信，这些甘愿洒热血、抛头颅的陕北根据地创建者会是国民党的“奸细”。一直以来，刘志丹在陕北群众中享有很高的威信，当地流传着一首民歌：“正月里，是新年，陕北出了个刘志丹。刘志丹，是清官，他带上队伍上横山，一心要共产。”当时红二十六军、红二十七军不少指战员认为，从外面来的红二十五军存心要整他们。八十一师师长贺晋年后来对杨尚昆说，如果中央不来，我们就要同二十五军他们打起来了。刘志丹被捕的事传出后，根据地内上千户的群众不明真相，纷纷逃往白区。地主、富农、反革命分子乘机捣乱，根据地一天天地缩小。
就在陕北根据地面临空前危机之时，1935年10月19日，中央红军到达陕北吴起镇。10月21日，在吴起镇战役胜利结束之后，毛泽东会见了当地的干部和群众，了解到了陕北根据地的严重形势。毛泽东被“肃反”一事震怒了，立即下令“刀下留人”，“停止捕人”。他对反映情况的干部群众说：“我们刚刚到陕北，仅了解到一些情况，但我看到人民群众的政治觉悟很高，懂得许多革命道理，陕北红军的战斗力很强，苏维埃政权能巩固地坚持下来，我相信创造这块根据地的同志们是党的好干部，请大家放心，中央会处理好这个问题的”
为了尽快挽救陕北危局，毛泽东马上把国家政治保卫局的王首道、刘向三、贾拓夫等人找来，让他们组成调查组，带领一个连的士兵，携带一部电台，以最快的速度赶往瓦窑堡，代表党中央去接管戴季英控制的西北保卫局。毛泽东语重心长地对王首道等人说：“杀头不像割韭菜，韭菜割了还可以长起来，人头落地就长不拢了。如果我们杀错了人，杀了革命的同志，那就是犯罪的行为。大家要切记这一点，要慎重，要做好调查研究工作。”
调查组一行人赶到瓦窑堡，宣布了党中央的决定，由国家政治保卫局局长王首道代行西北政治保卫局局长职务。戴季英对他们的到来感到很突然，但是他仍然认为自己做得很对，理直气壮地搬出了许多卷宗，证明刘志丹等同志是货真价实的“右派”、“反革命”。调查组接受这些案卷后，按照毛泽东的指示，抓紧调查研究。
调查中，调查组发现，那些支持着刘志丹等人是所谓反革命的“口供”，极少部分是坏人故意捏造出来的，其余的都是戴季英等人通过刑讯逼供方式得到的假口供。大量事实证明刘志丹等人不是什么“右派”、“反革命”，而是一贯对革命忠贞不移，屡建奇功，经受了斗争考验的优秀共产党员。戴季英等人罗织的“罪状”，一条也不能成立。调查组质问戴季英：“如果刘志丹他们这批干部是‘反革命’，那么这块革命根据地是怎么建立和发展起来的？这里的对敌斗争是怎样坚持下来的？”
毛泽东听了王首道等人的汇报后指出：这次肃反事件是完全错误的，逮捕刘志丹完全是莫须有的诬陷，是机会主义疯狂病。戴季英不接受毛泽东对他的批评，为自己的行为狡辩，周恩来对此愤怒已极，指着他说：“像刘志丹这样的‘反革命’越多越好，像你这样的‘真革命’倒是一个没有才好！”
11月30日，为严明党纪，党中央决定处分负责肃反的戴季英、聂洪钧二人，撤销戴季英的领导职务，并给他以党内严重警告处分。
12月初，刘志丹等党、政、军领导干部100多人从牢里释放了出来，一个个又回到了各自的领导岗位。毛泽东、周恩来在瓦窑堡的窑洞里亲切地接见了刘志丹等人。
在这之后，刘志丹被任命为西北革命军事委员会副主任、北路军总指挥和二十八军军长。
与此同时，徐海东也向毛泽东汇报了鄂豫皖肃反的情况，说现在红二十五军中至今还有300多个同志蒙受冤枉。毛主席当即指示：“这些同志都跟着长征，一路吃了许多苦，为什么还当反革命？！”“要立刻给他们摘掉帽子。党员恢复党籍，团员恢复团籍。”他要徐海东代表他，去给这些人平反并进行安慰。
当徐海东向红二十五军300多个被冤枉的指战员宣布恢复他们的党团关系时，他们全都哭了，徐海东自己也流下了感动的泪水。广大红军指战员从这件事上又一次深深感受到：毛泽东是最实事求是的。如果不是毛泽东率领中央红军到来，受迫害的那些同志不知还要被冤枉多久！
一场乌云至此被驱散了，红军在陕甘边根据地的力量迅速增强。