吴敬琏的参与让“基金黑幕事件”顿时升温。12月4日，证监会主席周小川接受采访，表示欢迎媒体对证券业、资本市场发表意见，对于调查属实、确有证据的违规行为一定给予依法处理。据后来的调查结果显示，10家基金公司中，除了两家，其余均被发现存在“异常交易行为”。
4月13日，新浪在纳斯达克股票市场正式挂牌交易，融资6000万美元，国内舆论为之雀跃欢腾。然而，几乎就在同时，一个不可思议的事情突然发生了：从4月起，一直高傲地一路上飙的纳市在毫无预兆的情形下突然调头下坠，综合指数在半年内从最高的5132点跌去四成，8.5万亿美元的公司市值蒸发，这个数值超过了除美国之外世界上任何国家的年收入。经济学家斯蒂格利茨用黯淡语调评论，“泡沫破灭了，经济陷入了衰退，这种结果的发生是无法避免的——建立在虚假根基之上的喧嚣的90年代，最终将走向终结”。
吴敬琏的这段话好像在一盆正熊熊燃烧的火焰上，兜头浇下了一瓢冷水，当即溅出四射的火星。第二天，各大媒体及门户网站都发出了新闻：“经济学家吴敬琏给网络股泼冷水。”
据此，他提出了“目前在经济改革方面需要重点解决的四个问题”：
在解释什么是“改革的大关”时，吴敬琏是这样回答的：“现在改革的大关还没有过，就是因为体制未改的国有部门还支配着一些重要资源的主要部分。这是当前许多困扰我们的经济问题的一个总的根源。”
可是，吴敬琏偏偏要说这个“帷幕”上爬满了跳蚤，他的言论遭到了嘲笑和批驳。有人为“泡沫”欢呼，说“没有泡沫的啤酒不是好啤酒”。两位网络观察家撰文反击，并在网上放了一个10万字的资料，号召大家起来批驳吴敬琏的“泡沫论”。在论战中，甚至连他70岁的年龄也被拿来当话题，年轻人们用嘲讽的口吻写道，“未来属于你们，也属于我们，但归根到底属于我们……知会并要求您上一上互联网，来与我们共同感受大时代涛声的澎湃！”2000年3月9日，纳斯达克指数赫然突破5000点，举世一派欢腾，吴敬琏的声音愈发显得好笑和荒唐。
记者接着追问：“就算是基金管理公司出了一些问题的话，按照您的说法这笔账应该记到谁的头上？”
那段时间里，有关方面正在隆重纪念中国证券市场恢复10周年，歌颂和总结的文章正层出不穷。《财经》对基金业的揭黑以及吴敬琏的呼应，无疑让部分管理高层人士很不舒服。吴敬琏多年的学术搭档周小川于2000年2月刚刚调任证监会主席，他提出“资本市场要在规范的基础上发展”，而一些人则对此攻击说，“规范，规范，再规范，就会搞垮中国资本市场”。日后吴敬琏回顾自己之所以挺身直言时说，“《财经》发表《基金黑幕》之后，公众表达了极大的关切和义愤，但揭开还是捂住黑幕的交锋还处在对峙之中，人们便期待着经济学家的声音。在这种情况下，我接受了中央台的采访”。
吴答：“资本市场要扩大，应该要吸引越来越多的人进行直接投资，应该说是好的现象。但是全民炒股，讲的就不是投资了，我看是不正常的。这说明我们没有为我们的大众，提供一个好的投资机会……我们没有给我们的大众准备这样好的投资场所，所以他只有在股市里面看涨落，希望通过这个能够得到回报。炒作过程中，赚钱的人赚的是谁的钱呢？他不是在生产发展中创造财富得来的钱，而是从别人的口袋里转到他的口袋里，靠这个炒作来让一个民族富起来，这就像拔着自己的头发要离开地球一样，是不可能的。美国有个经济学家叫加尔布雷思，他说美国人特别健忘，20年前被崩盘咬了一口，过了20年又忘了。我们这个忘性更大，几个月就忘了。”
早在一年前，他的朋辈和弟子们就开始筹划祝贺之事。当时吴敬琏正在匈牙利布达佩斯高等研究院学术访问，他发回电子邮件表示，“大家的心意我是很感激的，但不要搞对我个人的歌功颂德，最好的形式是大家聚在一起，对我们共同的改革事业（不是个人的成就）作一次系统的回顾和展望”。经过讨论，朋友们同意以举办学术研讨会来表达对他的敬意，同时出版一部经济论文集，来纪念他在半个世纪中的辛勤耕耘。
他写道：“当我在2000年年初着手编这本集子时，心情确实有几分沉闷和沮丧……从经济资源配置的角度看，可以说改革的‘大关’还没有过。特别使人沮丧的是，我们不得不继续谈论5年前我就已提出的问题，例如国有企业的低效率，日益猖獗的腐败，经济关系的混乱与失范，改革过程中财产再分配的严重不公，以及金融诈骗、股市泡沫、公权不彰、法治不行等等。”
10月，《财经》杂志刊登了一组封面调查《基金黑幕》，将中国股市中的“基金神话”一下子刺破了。这个“说真话的孩子”是一个28岁的无名小卒赵瑜纲，他是上海证券交易所监察部的研究人员，为了对基金管理的现状做一个例行的调研，他以1999年8月9日到2000年4月28日为区间，对国内10家基金管理公司旗下的22个证券投资基金进行了追踪，将它们在上海证券市场上大宗股票交易的汇总记录细致分析，写出了《基金行为分析》和《基金风格及其评价》两份报告。就是在这两份报告中，赵瑜纲披露了投资基金大量的违规、违法操作事实。报告是在5月份形成的，很快就以非正式的方式流传到了社会上，并最终落到了被证券界一些人称为“最危险的女人”、《财经》杂志主编胡舒立的手上，在她的坚持下，《财经》以选编的方式刊发了赵瑜纲的报告。
这已经不是吴敬琏第一次在公开场合抨击中国资本市场的混乱现象。早在去年的全国“两会”上，他就对记者抱怨说：“在规范的证券市场上，一般有两个渠道可以来钱，一个是投资回报，另一个来源靠价差，价差就是钱在几个人的口袋里转，在规则不健全的情况下，很容易出问题。中国证券市场发展到现在这个样子，根本就不是一个有投资价值的场所。由于制度不规范，股市由少数有权力、有后台的所谓‘庄家’支配，他们赚的概率很高，一般的投资者，就是给人垫背。”当时，吴敬琏还提出了一个倡议，他说：我向诸位媒介呼吁，我们能不能来一点小革命，把“股民”这个词革掉。我非常反感传媒用“股民”这个词。什么叫股民？他是股东，他是“东家”。在中国的语汇里，因为长期的封建社会，这个“民”，相对应是“官”，意思就是低人一等，这个不是市场经济的概念，市场经济一定要树立一个概念，这个股东，他是“东家”，而“不是可以任意鱼肉的小民”。
《北京青年报》的一个记者谈了她对吴敬琏的感受：“我第一次接触吴敬琏教授是在1991年。那时候我大学刚毕业去采访他，以后上‘两会’，每年我都在人民大会堂的台阶上见着他被记者围追堵截的那个情况，我对他的印象是：他的嘴对着领袖的耳朵，但他的脚站在百姓的中间。”这段话在现场激起了一阵经久不息的掌声。
中央台的节目播出后，在全国产生了震动性的效应。在接下来的几天里，吴敬琏连续接受了多家媒体的采访。在与《南方周末》记者陈涛的对话中，他颇为激烈地说：“在某些政府官员和国有企业领导人看来，证券市场的功能就是为获准上市的企业圈钱解困。对于另一些懂得金融市场交易特性，又有某种权力背景的人来说，则把它看作一个可以进行违法违规操作而不会受到惩罚，从而从中小投资者（他们往往被某些人轻蔑地看作可以任意宰割的‘股民’）口袋里大把掏钱的良好场所……内幕交易、操纵市场等坑害中小投资者的活动愈演愈烈，以致简直成了市场活动的常规，证券报刊的习惯用语。中小证券投资者对这种情况看在眼里，却无能为力。他们郁积于胸间的愤懑之情，只要看看《基金黑幕》发表以后投资者在网上发表的言论，就可见一斑。同时，不止一篇良心未泯而又勇于仗义执言的证券业从业人员揭露黑幕的文章，也印证了受害的中小投资者所言非虚。”
吴敬琏当然不是第一个对股市提出批评的人，他想要把“股东”和“股民”分开来的建议，在很多人听来也就是经济学家爱嚼字眼儿的表现，因而，并没有引起很大的关注。可是，这次不同了，因为他把矛头直接对准了股市上炒作“互联网概念”的行为。他举例说，最近股价暴涨的上海梅林，其实是做食品的，只不过有一个网址可以在网上买卖，就把它与新经济连起来，这未免太过勉强。最后他用一种很恳切的口吻说：“中国的新经济八字还没有一撇呢，与其临渊羡鱼，不如退而结网。”
其一，按照“三个有利于”的判断标准调整所有制结构；其二，尽快解决私营企业的国民待遇问题；其三，市场经济的支持性系统亟待建立，主要是金融系统的市场化程度很低；其四，要确立公正透明的游戏规则，要确立法治。要使老百姓知道自己拥有哪些权利，并使他们有足够的手段来维护自己的权利。要让官员在法律规定的范围内，依照法律行使自己的职权，并受到法律的监督。
在观众提问环节中，问：“咱们国家现在全面炒股，这种情况，对国民生活将会带来什么影响？”
这场论战顿时溅起漫天喧哗，各路媒体进行了连篇累牍的追踪报道。这也是吴敬琏第一次与政界和经济理论界之外的人士展开论战，而且他的对手竟是他无比呵护和喜爱的年轻人，这让他不免有点沮丧。在他看来，网络经济当然应该大力鼓吹，但是，现在的人们把“网络经济的发展”和“网络泡沫的膨胀”等同在了一起，这是让他无法接受的，而更糟糕的是，那些与他争论的年轻人们也总是把这两件事搅在一起。他对助手柳红说，这是一场莫须有的“论战”，让大众围观这样的“论战”，实在是一种浪费。
当时，国内经济学界一片噤声，而众多的财经媒体或因利害关系或因真相未明而不置一词，舆论一时间空前压抑。就在基金公司发表声明的10多天后，10月29日，吴敬琏接受中央电视台《经济半小时》记者的采访，谈了他对“基金黑幕”的看法。
2000年，对于70岁的吴敬琏来说是难忘的一年，正是在这一年，他的影响力超出了其所研究的经济学专业领域，成为一个广受瞩目的公众人物。年初，他因为预言网络泡沫的破灭而成了一个“明星预言家”。到年底，他又因一个重大事件而站在了公众舆论的“风暴眼”中。
节目的最后，细心的沈冰发现，“吴老师的生日就是在1月24日，也就是我们国家的农历初一。”她代表栏目组和全国观众，将一盘斯美塔娜的《我的祖国》音乐片送给了吴敬琏。
2000年12月，中央电视台第一次评选“CCtV中国经济年度人物”，由100位经济学家和50位知名财经记者共同组成的评选委员会选出了10位表现最活跃的“年度人物”，他们是吴敬琏、柳传志、田溯宁、梁定邦、彭作义、周厚健、张瑞敏、张宏伟、求伯军和王石，在10位当选人中，吴敬琏唯一以学者的身份入选，并获得了“年度人物”第一名的大奖，在网络票选中他遥遥领先，排在“人气排行榜”首位。
3月17日，中国发行量最大的时政周报《南方周末》刊发了吴敬琏的这篇文章，不过题目被改成了更具有刺激性的、在他看来有点逻辑不通的《要制度还是要泡沫》。同时，报纸也配发了网络观察家方兴东和姜奇平的反驳文章《致吴先生：别给网络泼冷水》。他们针锋相对地写道：“吴先生的观点，有将新经济与网络股割裂之嫌……不能割裂经济整体与风险资本市场的内在联系，把部分网络股公司的淘汰，直接等同于泡沫。而且现在给美国的‘大多数公司’判处死刑，更是过于轻率。”
吴敬琏坦率地直指监管当局，他说：“一个市场，如果普遍地违规违法，那就要考虑了。这个环境引诱人们走向违规违法，那么就是有关当局都应该负有一定的责任。比如说首先是监管机构，然后是司法机构，那都是负有责任的。当然比如说行业的自律，还有我们的传媒，我们都是有责任的，有的是有行政责任，有的是法律责任，有的人是一种道义责任，包括经济学家。我们都是一个社会人，在这里面你是鼓励让这个市场正常化起来，你是在保护中小投资者的利益，还是在帮那些违规违法、自己当了暴发户而把中小投资者套住了、坑了的人，你是站在哪一边？”
他写完这段文字的时候，当然不会料到，序言中的很多内容将很快面临考验。
在这段时期的文章和言论中，吴敬琏一再提及“既得利益集团”和“权贵资本主义”这两个名词，这在几年前是罕见的。他认为，“改革确实会带来痛苦，但这些痛苦并非都来自改革自身，而是来自改革以外的东西。其中有些是不可避免的，有些是人为的，不客气地说，有人就是要在里面搅，想浑水摸鱼”。
2000年1月24日，是吴敬琏70岁寿辰。
就在《中国青年报》的文章刊出的第二天，12月30日，中央电视台的《对话》节目为吴敬琏做了一个专场，主题是《感受吴敬琏》。这是全国观众第一次在电视屏幕上看到一位真实的中国经济学家。吴敬琏的形象和表现符合他们对“经济学家”的某种想象：一位温和的儒雅长者，充满了智慧和责任感，面对公众时稍稍有点拘谨。
书房之外，一场更猛烈，已然酝酿生成的风暴正在不远处等待着他。
在当时许多人看来，吴敬琏的言论显然是不合时宜的。进入20世纪90年代以后，互联网技术从实验室走了出来，日渐成为一个勃然兴旺的新经济。在之前的10年里，它让美国重新回到了全球经济领头羊的地位。就在1999年12月，主要以互联网公司股票构成的美国纳斯达克综合指数正逼近5000点，而在1998年7月它才刚刚跨越了2000点大关，市场的繁荣把人们对互联网的热情推到了沸腾的高度。在中国国内，新浪、搜狐和网易等门户网站如日中天，一个新的时代似乎刚刚拉开了华丽的帷幕。
他说：“十二届三中全会确定了改革的基本道路。其后的党代表会议要求在‘七五’（1986~1990年）期间建立起商品经济的基本框架。这个任务没有完成。1993年十四届三中全会要求在本世纪末初步建立社会主义市场经济体制。从那时到现在，市场经济体制建设有了很大进步。但是市场经济的有些重要架构，例如现代金融体系，还有待建立。阻碍改革推进得更快的一个因素是旧的意识形态的障碍，但更重要的是某些既得利益集团不愿意放弃既得利益。”
这场研讨会是在2月26日召开的。据时任国家体改办副主任的李剑阁回忆：“来自学界、政界和企业界的宾朋满座，盛况空前。代表各个学术流派和各种观点的与会演讲者不仅发表了高水平的论文，进行了无拘无束的深入讨论，而且以真挚感人的语言，对吴敬琏的道德和文章作出了恰当的评价。会议气氛浓烈，会后人们的心情仍然久久不能平静。”
在序言中，他竟有点自责地写道：“经济学在改革中的作用发挥得怎么样？我总感到，在这迫切需要经济学家发挥自己的聪明才智去推动改革前进和在改革过程中尽力保护大众利益的时候，我们做得很不够。这固然有社会环境方面的原因，也与我们自身的努力不够有关。所谓努力不够，有两方面的表现，一方面是学识方面的……另一方面的缺点，则是没有能够在改革这一巨大社会变革中实现自己作为社会良知的职能。”
吴敬琏的勇敢和率直让他的声望达到了顶峰。在此之前，在公众的心目中，他是一个居于庙堂之上的“体制设计者”，而此刻，作为一个公共知识分子的吴敬琏出现了。
主持人问：“那您觉得您为什么人气会这么旺呢？”吴答：“也许是一个很不好的现象的折射，普通的大众投资者声音太小，他们说话的舞台缺乏……也许至少岁数大一点，也许可以说得更多一点。对于我们来说这是一个经济学家的本分。”
吴敬琏说，“第一，10大基金这个声明说是多处不实，但它没有举出来最基本的核心的事实是不实。对倒、倒仓这些活动，我想是《财经》这篇文章最主要的指责、指控。因为这是一个触及《刑法》的问题……操纵市场是刑事犯罪。第二，怎么可能10大基金公司共同互保？难道他们之间互相的账在他们内部都是公开的吗？他们的操纵行为都是互相知道得一清二楚的吗？对于经济学家来说，这是不可想象的。10大公司本来各个之间是竞争对手嘛。而且法律上说他们不能够串谋来进行交易活动，对不对？在这种情况之下，他们怎么能够互相证明呢？如果这个证明是有资格证明的话，那肯定就是说他们在交易活动中完全是共同商量的结果。如果是这样的话，那不就是违法行为了吗？”
主持人沈冰问：“我不知道吴老师您在参加那个颁奖晚会（指刚刚举办过的年度经济人物颁奖晚会）的时候，是一种什么样的心情？有没有想到有一天作为一个学者也能够站在聚光灯下？”吴敬琏很诚实地回答说：“像我们这种当老师的或者做研究工作的碰到这种场面有点手足无措，完全没有思想准备，怎么会在点击率上得了那么高的票数？”
这位倔强的经济学家决定应战。他很快写出了《互联网：要发展还是要泡沫》一文。他直言：“有人说，股市泡沫有利于高技术产业的发展，在‘新经济’的时代，网络股的泡沫不会破灭，我不能同意这种看法。”吴敬琏不但不反对中国发展高新科技产业——包括互联网产业，还是一个不折不扣的“发烧友”。他反对的是资本市场中的炒作行为，“对于不强调真抓实干，而是爆炒‘高科技’、‘网络股’等概念以吸引大众跟风入市，促成股价上升，就不能不怀疑醉翁另有他意了”。进而，他对美国当下的网络热也提出了自己的警告，“最近9年来，在信息产业、基因工程等高技术产业的带动下，美国经济持续高涨，股价也一直在上升。这引起了一些经济学家的担心，因为按照过去的规律，长时期的高速增长预示着通货膨胀的爆发和金融市场的崩溃……当前美国经济既有‘新经济’的内容，也存在‘泡沫’的成分。”
在获奖者专访中，主持人问白发苍苍的吴敬琏：“我们曾经把冰心老人称作是‘中国文坛的良心’，那么现在也有人把您称作是‘中国经济界的良心’。在今天的中国社会中，‘经济’这两个字无处不在。大家都在讲钱，都在讲创造财富和盈利，良心这两个字有什么用处？”后者答道，“中国老话就有：君子爱财，取之有道。市场经济它需要一个人和人之间的信任关系，没有这样一种信任关系，如果靠尔虞我诈是发展不到现代市场经济的。”在专访的最后，主持人颇有感慨地说：“旧的一年过去，好在我们把良心留下了。我们也许不需要诺贝尔经济学奖，但我们需要敢讲真话、讲实话的经济学家。”
从1950年春天进入南京金陵大学经济系求学至今，吴敬琏在经济学领域已经浸淫了整整50年，他由一个青涩的激进青年成长为中国著名的经济学家，可是，他对自己满意吗？
2000年12月31日，吴敬琏是在书桌前度过的。在过去的一段时间，他一直在编辑一部作品集，书名是《改革：我们正在过大关》。现在，校订已经完成，初步决定下一年开春交由三联书店出版。在2000年的最后一天，他坐下来写了一篇序言。近段时期传媒对他的赞颂和嘉奖，以及前一天录影现场的其乐融融，似乎都没有让他的心情变得轻快，相反竟还有点黯淡。
这一节目在观众中引起了热烈的反响，但是也有人批评说：这个节目吹捧了一个人（指吴敬琏），这个人又吹捧了另一个人（指顾准），应该停播。看来吴敬琏是犯了某些人的忌讳了。
吴敬琏看上去非常腼腆和谦逊，他显然不习惯这种热烈的、被追捧的场面。这时，他谈到了顾准：“首先我要说我不是先知先觉，这两天好多人都问我你怎么先知先觉，早就知道这个网络要崩盘，我只不过是注意各种事情，另外用经济学理论去分析各种现象，如此而已。我自己在相当长的时候，可以说一直到‘文化大革命’的晚期吧，才稍微懂得了一点道理。我的老师、朋友顾准说的，要像一把冷冰冰的解剖刀那样去解剖这个社会经济关系。”
5月12日，吴敬琏参加高新技术产业国际周的活动，作完演讲后，当即被记者团团围住。人们十分好奇的是，他到底是在哪只“水晶球”里看到了网络泡沫即将破灭的景象？吴敬琏的回答似乎没有完全满足他们的好奇，他似乎仍然沉浸在两个月前的那场争论中，他说，“有人说，新经济和旧经济完全不一样了，你们那些经济学家和那些经济学没有用了，现在叫做注意力经济、眼球经济，只要吸引眼球移动就一定能成功，这个我不相信。我并没有给网络泼冷水，我是给热炒网络股泼冷水。”
12月29日，《中国青年报》刊登了记者潘园对吴敬琏的专访，题目是《改革：我们正在过大关》。吴敬琏直言，“我感到不满足的是，1984年以后一些方面的改革仍然进展太慢”。
接下来提到了“基金黑幕”。主持人问：“对于这样一个事情，您为什么一定要站出来说呢？”吴答：“我一听说我们的电视台和一些报刊想要请我们经济界和经济学界的一些人发表意见，但是他们都有很大的顾虑，我觉得这是非常不正常的。”问：“您那个时候有顾虑吗？”答：“马克思说过，利益会把仇神招到战场上来，这是意料中的事，断人财路嘛。你选择了这个职业，你是经济学家嘛。我们经常说，经济学是一种实证的科学，就是说，它首先要回答的问题是‘它是什么’，这是经济学家的基本职业道德。”
就这样，吴敬琏又一次“不幸而言中”。这位不久前还被认定“落伍”了的经济学家，“意外”地成了一个准确预言了全球网络破灭的“黑衣魔术师”。
这是一场充满了温馨气息的电视访谈节目，女主持人现场播放了一段交响乐，吴敬琏马上听出，这是捷克作曲家贝多伊齐·斯美塔那交响诗套曲《我的祖国》的第二乐章《沃尔塔瓦河》。他告诉观众，和老师孙冶方特别喜欢雄壮、战斗的贝多芬不同，他更喜欢“舒缓一些的音乐”，比如莫扎特，“我喜欢他的钢琴奏鸣曲，因为我们这种职业常常处于激烈的辩论，而且这种激烈的辩论，它常常又有利益的背景，所以它就比较紧张。莫扎特对人类的善意，能够让你平静下来，从人性的角度说，莫扎特很有深度……他对这种人性的解释，我觉得非常能够使自己心平气和起来。有的时候在什么辩论会上，不管是经济学家吵架还是跟领导激烈辩论，这种时候打开来听一听。”
他对记者谈到，在我看来，现在存在两种错误的倾向——有人打着“维护社会主义”的旗号来打击改革；也有人打着“改革”的旗号来反对改革。改革的阻力既来自旧观念，更来自既得利益。而与改革背道而驰的既得利益，有的产生于旧的计划经济体制，也有的来自前期不规范的改革。例如，在规范化的基础上发展证券市场要求，就受到一些人的反对，说这是“打击新生事物”。有些人说这种话的原因是不了解经济学的道理和事情的真相，但是，也有些人对事情本身是知道得很清楚的，他们这样说，只是因为代表着一种利益。这种打着“改革”的旗号反对改革的说法和做法危害甚大。第一，它延缓了建立规范化市场经济的进程。第二，使受到这类不正常行为损害的人们误以为这种不正常状态是改革带来的，从而产生对改革的反感和对立的情绪。而这些人正是我们要为之寻求公平的对象。
就在这场祝寿研讨会的7天后，3月4日，吴敬琏突然扮演了一个“黑色预言家”的角色。当时正在召开全国“两会”，这一天，身为全国政协常委的吴敬琏在一次与记者的即兴谈话中，对如火如荼的网络经济发表了自己的感想。他说：“目前香港和内地都在炒作网络股，它对高新技术产业利少弊多，传媒最好不要推波助澜。”他认为，“在中国，现在上市的网络股没有几个是真正意义上的网络股。”没有想到，他的这一讲话引来了证券界和网络界人士的强烈反击。